故事布景设定在巴西的亚马逊森林中，叙述了一群人战胜重重艰险寻觅“森林之心”的故事。船长勒贝克接受了阿曼达兄妹和薇拉的包船恳求，带领他们去寻觅失踪的考古学家，也便是阿曼达的父亲内森。薇拉作为雇佣内森的公司代表，和兄妹俩之间有所介意。两组人之间的严重联系与他们面对的来自当地野生动物和奥秘森林神祇的要挟比较，显得微乎其微。依据内森日记的内容，一行人前往传说中的“桑赛伊达”，找到了看护森林的绿宝石“森林之心”。终究，薇拉献身，父女三人逃脱了险境，一起劝诫世人要对这片土地具有敬畏之心。电影的剧情充溢了惊险和影响，阿曼达和薇拉在森林中遭受了各种风险，包含毒箭蛙、食人鱼、巨蟒、蜘蛛，乃至是仇视的部落。《奥秘奇航》是一部充溢冒险和惊喜的电影，它展现了人类的勇气、决计和对不知道的探究，一起也对生态损坏问题提出了警示。
