东京举行首脑会议，地址是东京湾的新设备「Edge of Ocean」。这是一座，会议举行的5月1日当天，将动用2万2千人警方人员的超巨大设备。但是不料某天，竟发生了出人意料的大规模爆炸事件！其间，呈现了能够掌控全国公安差人的差人厅秘密安排——通称「ZERO」安排的成员安室透的身影。为何不在会议当天，而挑选在会议之前引爆呢？以及安室背地里怪异的行为，让柯南感到工作奇怪不已。这时，现场证物上留下的指纹，居然与曩昔所属警视厅的毛利小五郎的指纹相吻合！其间到底有什么诡计？环绕拘捕小五郎，柯南和安室展开了交兵。安室透这个谜一般的存在，究竟是敌是友？「极秘使命」的倒计时，此刻现已无声无息地开端了——。
