八国联军入京，朝廷出走，举国形势一度紊乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、学徒梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）集合。师徒于路同忧虑海盗夺粮的南粤米仓产生误解，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役工头谢四（张铁林 饰）指派。本来南海海盗趁形势紊乱，活动频频，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠盗窃保持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂抛弃赴港方案，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人打开连场搏杀…… 本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。
