故事叙述了被分到问题学生聚集的D班的绫小路清隆和他的同学们在校园里挣扎求生的故事。在TV动画第四季《欢迎来到实力至上主义教室 第四季：二年级榜首学期》中，春假往后，绫小路和轻井泽成为了情侣，而堀北也不再崇拜她才华横溢的哥哥岳。跟着他们联系的逐步改变，他们也升入了二年级。绫小路和其他二年级新生行将迎来他们的榜首场特别考试——书面考试，他们将与一年级新生伙伴。但是，一年级新生中竟潜伏着月城从白屋派来的刺客。这种跨过年级边界的全新联系，究竟会带来风暴仍是安静？校园生活的第二年就此拉开帷幕。
