在《剧场版物怪：唐伞》的剧烈对决后不久，卖药郎（神谷浩史配音）再次现身，这次他来到了大奥的内庭。从前事情往后，这儿正阅历一场动乱。身世名门的女子大友牡丹（户松遥配音）顶替歌山成为新任总管，并开端推广一种谨慎而平衡的领导方法。这种高压政策逐步加重了她与曾受天皇（入野自在配音）宠幸的资深花魁富有（日笠阳子配音）之间的联系日益严重，两人之间的裂缝日益加深。天皇的妻子有希子皇后（种崎敦美配音）所生的皇子行将选定监护人，一场出人意料的事情却完全推翻了富有的命运。她产下了一个被视为“不祥之子”的婴儿，被年长重臣大友（堀内贤雄配音）视为要挟，然后成为一场权谋诡计的方针。在男权体系织造的权利之网中，利益冲突与掩盖真相的手法敏捷失控。与此同时，古怪的事情连续产生，人们无故自燃，瞬间化为灰烬。卖药郎怀疑是物怪作怪，打开查询。但是，他所面临的，是一种奥秘而不断改变的群体性...。
