一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地宣布独特的电波信号：功率强壮的信号煮沸了海水，搅扰了邻近的星舰并造成了广泛的损坏。此刻，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复生的使命后，驾驭着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星归航，虽然他们现已知道了将面对军事法庭的指控：他们被指控偷盗了联邦星舰进步号，并对她的破坏负有责任。在此关头，尚在康复中的斯波克发现这艘外星探测器正测验与地球上的座头鲸树立联络；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。 柯克指令“赏金号”进入引力弹射状况，使用太阳的万有引力而穿越时空来到20世纪后期。星舰于1986年抵达了美国加利福尼亚州的旧金山市，船员们将星舰藏在金门公园的一处草坪上。尔后，他们开端寻觅能与外星探测器交流的鲸鱼、能将鲸鱼装在星舰上的容器，以及能让猛禽舰康复能源供应的物...。
