在都市内呈现了接连女人被杀事情。经差人调察，犯案者是异形怪物，而主角·风祭真由于一向发着相关事情的梦而备受困扰…… 风祭真的父亲是遗传学研讨所里的科学家。而真则自愿成为了研发不治之病的试验品，但却被张狂的科学家·鬼塚实施的现阶段最风险的生化试验·Lv3的遗传因子操作试验而变成了生化兵士：真·假面骑士。但鬼塚最大的意图便是要将真供暗地BOSS·“财团”作为军事兵器。真最终逃出了『财团』的魔掌，而且与“财团”的超级改造兵士·豪岛打开生死战！
