白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的抵挡革命党人的指令后，在广州街头借“扶清灭洋”的标语大举捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）反常愤慨。 在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党首领孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决议协助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不吝与纳兰元述决一死战。
