哥斯拉忽然从海底呈现，于东海村登陆将市内的建筑物及发电厂彻底损坏，尽管自队向哥斯拉打开强烈进犯，但却彻底阻止不了它行进。另一方面，危机办理情报局的官博士于茨城县的海沟发现直径200米的古代陨石，後来陨石内的有机物质与哥斯拉相遇并自我进化成巨大怪兽奥加，而哥斯拉就与奥加在西新宿打开一场生死战。
