“TOKYO MER”正式认可半年。为了在全国政令指定城市展开MER，替代脱离部队的音羽（贺来贤人）的第二医师问题让喜多见（铃木亮平）头痛不已。在部队内期望比奈（中条绫美）升格的声响也进步，不过，音羽断语比奈应该向循环器外科的道行进。比奈也感到压力，烦恼着能不能替代音羽。这时，青户（伊藤淳史）作为援助医师来到MER。青户和音羽相同是厚生劳作省的医科技能官，表面上是作为第二医师替补的差遣，但那里有厚生劳作省方面的主意。 就在这时，隅田川发生了大型水上巴士和屋形船的磕碰事端。载着许多伤员，失掉操控的屋形船暴走了。虽然是赶往现场的MER的成员们，可是因为不能接舷，所以不能进入。而且因为船底内部的燃料走漏，装载了许多的患者爆破的可能性被发现！喜多见等人为了救助被遗弃的人们，进行了意料之外的作战。那正是殊死的应战。
