从前，一个高度发达的先进种族Ancient以地球为基地，几百万年前，不知什么原因，他们脱离地球去了某地，在南极只留下一个前哨站。在Jack O'Neill将军用前哨站的一种Ancient兵器消除前来进犯区域的Goa'uld人的舰队之後，各国协作建立了南极联盟，为研讨前哨站里的Ancient科技、促进国际协作与平和而共同努力。在研讨过程中，他们发现了Ancient脱离地球后所去的当地——飞马座星系。所以，为了开掘被沉没的前史、探究不知道的国际，各国组建了亚特兰蒂斯探险团队，经过星际之门抵达了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城。 但不幸的是，地球人的到来惊醒了一群控制飞马座星系的怪物——Wraith，他们技术先进、体格健壮，性格野蛮残酷，不讲信义，并且以人类为家畜，吸人生命。一万年前他们打败了Ancient并迫使其逃回地球，而探险队也发现了一个惊人的现实：...。
