数年前，人类以超级战舰“轰天号”，在南极击退“哥吉拉”，并且将“哥吉拉”封印在地底下。可是地球除了“哥吉拉”以外，还有许许多多的怪兽，对各大人类都市凶相毕露。所以，人类成立了“地球防卫部”，专门抵挡各种怪兽的侵略。而地球防卫部最强壮的成员，便是当年封印哥吉拉的“轰天号”以及其舰长“道格拉斯·戈登上校”。 此外，为了敷衍怪兽对人类形成的困扰，地球防卫部特别甄选了有特别才能的人类，这些“超人类”具有一般人类所没有的“M染色体”，让这些人类具有比一般人更强壮的体能跟敏捷性，以敷衍怪兽的进犯，其间的佼佼者便是“尾崎真一少尉”。 就在不久之前，人们挖到一个巨大怪物的遗骸，并且怪物具有机械跟生物的实质，置疑可以将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的正告，这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”，盖刚的呈现代表着人类...。
