2002年冬季，横浜大桥忽然被战斗机摧毁，媒体尽管报道此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长发觉此事与在99年的那场事情中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和举动中遭到全歼。而柘植是特车二课榜首小队队长南云（榊原良子 配音）本来的恋人。民众的不信任感达到了高峰，处于戒严状况的东京面临着大骚乱，人们被行将迸发战役的危机笼罩着。在自卫队主力队员荒川的协助下，后藤（大林隆介 配音）和南云清查到了柘植的下落。后藤召集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课本来的成员们，发动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地…… 本片是押井守导演推出了《机动差人PATLABOR》的第二部剧场版。
