在上一会集，爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）救出了被冷冻的伙伴们，众人在脱离之际却被赶来的雇佣兵斩草除根。T病毒使红皇后（Megan Charpentier 饰）的程序发生了过错，变得残酷嗜血的她想要杀死最终的人类消灭地球。仅有可以阻挠红皇后的只要爱丽丝一人。而此时，失去了才能的爱丽丝却被保护伞公司软禁在坐落海底的隐秘基地中。威斯克（肖恩·罗伯茨 Shawn Roberts 饰）经过病毒侵入了保护伞公司的体系，他放走了爱丽丝并告诉她，她是人类最终的期望，而为了解救人类，他们有必要冰释前嫌一起反抗更强壮的敌人。爱丽丝遇见了保护伞公司的前职工艾达王（李冰冰 饰），两人一路上英勇杀敌结下了深沉的友谊。一起，爱丽丝旧日的战友们也组成了一个小分队，从外向内进行包围。 保护伞公司在海底制作了传神的模拟城市，并运用克隆人作为T病毒的试验目标...。
