第二季的故事发生在第一季完毕八年后，军情六处的奸细乔纳森·派恩（汤姆·希德勒斯顿 饰）认为自己完全掩埋了曩昔，现在他的化名叫作亚历克斯·古德温，在伦敦担任主导一个隐秘监督小组，日子安静闲适。但是某晚，他偶尔瞥见一位曩昔受雇于理查德的佣兵，并促进他再次举动，与哥伦比亚商人泰迪·多斯·桑托斯（迭戈·卡尔瓦 饰）发生冲突。 在这段危机四伏的新旅程中，派恩结识女商人罗克萨娜·博拉诺斯（卡米拉·莫罗 饰），她勉为其难协助派恩潜入泰迪在哥伦比亚的军械举动。抵达哥伦比亚后，派恩深陷一场触及兵器和游击队练习的丧命诡计。跟着敌我形势更加难分难解，派恩急切揭穿一场旨在打乱国家安定的诡计，但变节如影随形，他有必要决议自己终究需求赢得谁的信赖，以及在为时已晚之前，自己乐意支付多大的价值。
