富贵大都会美国纽约，凶恶首领施莱德带领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保体系，立誓保护城市的平和。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶尔拍到大脚帮被四名奥秘侠客挫折的画面，在第2次遭受十分事情时，她惊奇地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的姓名勾起了爱普尔儿时的回忆，当年她的父亲与萨克斯正是研讨生物变异试验的同伴。她将这个音讯告知给萨克斯，但是在和忍者神龟及其教师斯普林特会晤后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……本片依据同名经典漫画改编。
