1992年，一架飞碟忽然呈现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦组织的官员，他们要求直接与日本领袖对话，敦促日本赶快消除哥斯拉，避免重蹈未来亡国的命运。 专事研讨各种奥秘事情的寺泽健一郎（丰原功补 饰）在未来写过《哥斯拉诞生》一书，其间披露了这只恐惧怪兽诞生的隐秘。依据这本书的记载，未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目睹哥斯拉的恐龙专家真崎洋典（佐佐木胜彦 饰）以及国家超科学研讨中心成员三枝未希（小高惠美 饰）乘坐韶光机回来1944年的拉哥斯小岛，企图将哥斯拉传送到其他当地。 寺泽他们的举动取得成功，可是20世纪却呈现了另一头怪兽三头金龙王。种种怪异事情的背面，可怕的危机遽然来临……。
