2044年的纽约，大反派朗格勾通外星恶势力企图消灭地球，很多外星人经过奥秘传送门侵略，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽垂死挣扎仍不敌敌人攻势，死伤沉重。怀抱着忍者最强兵器——期望，忍者神龟们决议回到曩昔时空，找到敞开传送门的钥匙，阻挠朗格，康复国际和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一任务，他在曩昔时空与女记者艾普奥尼尔成功接头，并和忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗集合，敞开了解救国际的举动。“咱们的未来，咱们自己做主”，忍者神龟们向朗格发起了终极应战。
