高中生结城理（石田彰 饰）自幼父母双亡，在曩昔的十年里他一向寄宿在城外的亲戚家。这一天他回来而是寓居的当地，转学进入当地的校园——私立月光馆学园高中部。某天，结城意外遭到奥秘怪物的突击。传说一天和一天之间隐藏着不为人知的“影子时刻”，而怪物便是休息在影子时刻内的Shadow。因为遭到进犯，结城体内足以和Shadow对立的才能Persona忽然复苏。在此之后，他被介绍加入了聚集着许多具有Persona才能持有者的特别课外活动部。这群怀着各式各样主意的年轻人持之以恒追寻着影子时刻的本相，而等候他们的却是令人不可思议的严酷命运！
